En el año 1834 las voces del Congreso Nacional postularon la candidatura de un personaje que acumuló prestigio en su vecindario, la Universidad y el Parlamento, un médico nacido en La Guaira y estudiado en Europa.

No obstante de su reiterada negativa a asumir la Presidencia de la República, el general José Antonio Páez sabía que la persona indicada para encargarse del Ejecutivo era el dr. José María Vargas. Por ello le dio abierto apoyo a la idea de apoyar y el médico resultó electo por el Legislativo.

El 6 de febrero de 1835 tomó posesión de la presidencia para iniciar su obra administrativa, una que enfocó en dos importantes ámbitos: Desarrollo cultural y el fomento de la riqueza nacional.

Para abordar el tema de la educación y cultura procedió Vargas a elaborar un Código de Instrucción Pública, con el objetivo de poner las escuelas primarias bajo la autoridad del Gobierno Nacional, modernizarlas, dejarlas de rentas suficientes para reformar en lo posible la enseñanza superior y científica de Universidades y Colegios.

Aquella labor se expandió a nivel nacional. Se llevó a cabo la reedificación del Colegio de Margarita; se instauraron las bases para reorganizar el de Barcelona, a cuyo efecto inquirió el paradero de los bienes de un extinto convento que existió en aquel lugar, así como también los otros bienes que debían constituir sus rentas. También se realizaron grandes trabajos con el propósito de instalar el de Guayana, para lo cual hizo entregar los bienes de las Misiones, y le nombró Rector y Vicerrector. Se completó la organización del de Cumaná. Se proveyó al de Carabobo de todo lo que carecía para comenzar sus estudios con orden y regularidad, también mejoró el que ya existía en Trujillo.

Creó otro Colegio en Barquisimeto, para el cual se aprovechó el edificio del antiguo convento de San Francisco, cuyos bienes fueron destinados a la instrucción de aquella Provincia. También uno en el Tocuyo, con profesores de mérito y que contó con un numeroso conglomerado de estudiantes, así como otro Guanare, fundado por el padre Unda, más tarde Obispo de Mérida, que comenzó a marchar estupendamente y sirvió como centro de instrucción superior para gran parte del Sur Occidente del país. El trabajo resultó un tanto más fácil en el de Coro ya que funcionaba bien, contaba con un excelente cuadro de profesores y numerosos estudiantes. Lo mismo sucedió con el de Maracaibo, que era el mejor dotado en sus rentas durante aquella época.

Con el fin de fomentar la riqueza nacional continuó la iniciativa del General José Antonio Páez en el proyecto de la Sociedad de Amigos del país, una organización conformada por una serie de personalidades influyentes cuya moral, academia, virtudes y logros en las áreas de producción, logística, seguridad, comercialización y sanidad, integraban un conglomerado intelectual concentrando la capacidad y disposición necesaria para impulsar un esfuerzo orientado al diseño de un sistema económico fructífero. Esta buscaba promover el desarrollo de las fuentes de riqueza y mejorar la calidad de vida de la ciudadanía. El Dr. Vargas llevó este proyecto de la Sociedad de amigos del país a las remotas poblaciones de San Fernando de Apure, Coro, Cumaná, Maracaibo, Mérida y Valencia, todo para que en esas localidades del territorio secundase los estudios y labores de agricultura, comercio, artes y ciencias, todas fomentadas con interés desde la sede principal en Caracas por las mentes más brillantes de la época.

Puede que una de las medidas administrativas más interesantes de la administración de su administración haya sido la de organizar el primer censo nacional, para cuyo efecto emprendió en el meritorio trabajo de solicitar al Congreso Nacional un auxilio para la inmigración, proceso que juzgaba y consideraba como imprescindible necesidad para el progreso de nuestras industrias y el comercio, pues para aquella época lo que más faltaba en Venezuela era población y mano de obra.

Como era médico de profesión, expidió también un decreto en materia de sanidad, por el cual se comprometía el Gobierno, y cumplió su palabra, a atender con galenos y medicinas a las poblaciones azotadas por enfermedades epidémicas. Para ello ordenó la creación de comisiones para el estudio, prevención e información destinadas a comunicar a la Facultad de Medicina de la Universidad Central de Venezuela sobre las epidemias en nuestro país y la aplicación terapéutica de plantas autóctonas, cuyo uso pudiese ser sancionado por la practica ilustrada.

Esas fueron las obras del Presidente que sería derrocado por los militares en la “Revolución de las Reformas” en junio de 1835.

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